O ECOA atua em programas de monitoramento de comunidades animais e vegetais na Bahia. Os projetos visam ações para a conservação em UCs da Bahia e identificação, juntamente ao MMA/IBAMA e ICMBio , de novas áreas prioritárias no Litoral Norte do Estado. Organiza uma coleção científica de referência para vertebrados e flora local e regional; mantém um banco de dados científicos; promove treinamentos relacionados à conservação ambiental. Os trabalhos foram publicadas em várias revistas científicas. O ECOA também promove o atendimento a Escolas. No setor privado tem parceria com a empresa Lacerta Ambienta, da qual recebe apoio logístico. Disponibiliza acesso aos nossos bancos de dados a pesquisadores de outras IES. Atua em parcerias com o IBAMA e ICMBio, Instituto Butantan e laboratório de Mirmecologia da CEPLAC. No final de 2009, integrou à genética da conservação aos seus objetivos, investigando a diversidade genética com técnicas de citogenética e de biologia molecular. Entre suas parcerias internacionais estão o Amphibian Ark e a Durrell Wildlife Conservation Trust no Reino Unido e o Durrell Institute for Conservation Ecology – DICE, da Universidade de Kent, Reino Unido.
